一、承包费数额标准问题
　　承包费数额标准问题是农村土地承包合同纠纷中最为普遍、也最为突出的问题，也多为纠纷形成的根源。在承包费的数额约定上，双方签订合同时没有一个具体的参照标准，难以有一个准确、恰当的把握。例如承包的荒地，承包前可以说没有什么收益，签合同时约定的承包费数额很低。但承包后，由于承包人进行了诸如建厂搞养殖业等投资经营，有了很大的收益，发包方便打破承包费数额的约定，单方擅自增加承包费，由此酿成纠纷。承包费应以什么标准确定?是以承包前的土地实际收益情况来衡量，还是应以承包后承包人的实际经营收益情况来确定?法律没有明确的规定，双方也很少在合同中就此予以约定。往往表现为，在合同履行过程中，发包方擅自提高承包费的数额，如果承包方不同意，发包方往往通过给承包方经营设置障碍诸如采取断电、停水等手段迫使承包方就范，使承包方处于两难的境地;如果同意增加承包费数额，担心发包方往往在这个问题上没有限度;如果不接受发包方增加承包费数额的意见，则又会面临承受不起经济损失的局面。承包费过低似不公平，而水涨船高没有限度，显然也不利于个体私营经济的经营积极性。反过来说，如果承包方经营效益差乃至亏损，此种情形下承包费数额能否降低标准予以减交或免除?此类问题仍是审理农村承包合同纠纷案件中一个难以把握和值得研究的问题。
　　二、擅自改变承包土地农业用途的处理问题
　　在农村土地承包经营合同的履行过程中，承包方擅自改变土地用途的现象较为严重。承包方出于自己的私利，不经有关部门批准和办理相关手续，擅自改变土地的农业用途，进行掠夺性或毁灭性经营，是严重违反农村土地承包法规定的违法行为。对此，作为土地承包经营的发包方即村委会，是否有权就此收回承包方所承包的土地，以维护集体利益?这是实务中颇为棘手的一个问题。若因此收回其承包地，势必就剥夺了其对集体经济组织土地所享有的承包经营权利，也使其失去了生活的依托，诱发社会不安定因素。
　　所以，村委会作为土地的所有者和发包方，应时刻对发包出去的土地进行有效的跟踪监管，不能让土地承包经营人擅自、随意改变土地的农业用途，从而有效维护集体利益。政府职能部门应加大对合同的监管力度，及时制止违法合同和有效打击违法行为，维护农业生产经营的正常秩序。
　　三、农村土地承包经营三十年不变与进行必要调整的关系问题
　　农民集体所有的土地归村民委员会集体所有，村民对土地依法享有承包经营的权利，任何单位和个人不得剥夺和非法限制农村集体经济组织成员承包土地的权利。农村土地的发包，一般是按照所在村委会土地的人均亩数和农户的人口数量实施发包的。但在土地的承包经营过程中，村委会土地的面积数量和农户的家庭人口处于一种动态的量变过程。如由于国家建设需要征用土地，使部分农户丧失了承包耕种的土地，但其并没有丧失对所在村委会土地的承包经营权利，因为征用土地是对农村集体经济组织土地的征用，而不是对承包该土地农户的土地征用。因此，农村集体经济组织的所有成员均享有获得土地补偿的权利，相应地，由于土地被征用，一部分失去耕地的农户同样享有及时获得土地进行承包经营的权利。因农村集体经济组织的土地被征用而形成土地面积的减少和一部分农户丧失土地的情况，就必然会涉及到土地的调整问题。
　　同时，农户承包土地的亩数与其家庭人口数量直接相关，经过一段时间的过程，农户家庭人口会发生增减变化，在人地矛盾突出的情况下，对承包土地进行调整，以调剂余缺也似有必要。
　　无论是土地被征用还是一段时间内农户家庭发生人口增减的变动，发包方即村委会或村民小组对发包土地进行调整是不可回避的。如果面对业已变化了的客观情况，机械地套用农村土地承包法第二十条“耕地的承包期为三十年”的规定而不进行及时的调整，势必会使一部分农户丧失耕地而无田可种。“耕地的承包期为三十年”，应当理解为农村土地实行承包经营的制度三十年不变，相应地，耕地的承包期亦为三十年。作为发包方的村委会和作为承包方的农户就土地签订的承包合同，期限为三十年。但不能就此机械地理解为：农户所承包的地块和所承包的亩数一包三十年不变。也就是说，不能排除在客观条件发生了变化的情况下，村委会与农户就承包土地进行必要的调整。土地承包经营合同中所渉地块和面积是特定的，而农村土地承包法中“耕地的承包期为三十年”的耕地则是泛指的，是不特定的，不能将二者混为一谈。
　　当然，进行调整并不是不分情况地随意调整，必须是在经由村民会议通过的情况下进行调整。这样，并不会因对土地进行调整而损害广大农户的利益。调整承包土地，必须把工作做实做细，做到手续完备，权属明确具体，没有“夹生饭”，不留后遗症，避免纠纷、矛盾和问题的滋生。并通过颁发农村土地承包经营权证和签订土地承包合同书，确定农户承包土地的权属，从而达到对承包土地进行有序的管理。